Veja o histórico do Náutico na Copa do Brasil
Melhor desempenho do Timbu foi em 1990, ao chegar à semifinal do torneio
Em 2022, o Náutico participará pela 27ª vez da Copa do Brasil. Desde a criação do torneio, em 1989, o Timbu já somou aparições modestas, com eliminações precoces, com um desempenho que por pouco não rendeu uma presença na final. Nesta edição, a principal meta é avançar ao máximo na competição para faturar as verbas de classificação e reforçar os cofres para a Série B do Campeonato Brasileiro.
A primeira participação do Náutico na Copa, em 1989, terminou com uma desclassificação nas oitavas de final. No ano seguinte, porém, o Timbu teve seu melhor desempenho na competição. O clube foi semifinalista, perdendo na fase para o Flamengo. O artilheiro do torneio em 1990, inclusive, foi o atacante alvirrubro Bizu, autor de sete gols.
Nos anos de 1991, 1994, 1996, 1997, 1998, 2004 e 2021, o Náutico não obteve vaga na Copa do Brasil. Em 1992, 1995, 2001, 2013, 2016 e 2017, a eliminação foi na primeira fase. Em 1999, o Timbu caiu ainda na etapa preliminar, perante o rival Santa Cruz.
O Náutico foi eliminado na segunda fase nos anos de 2000, 2002, 2005, 2010, 2012, 2014, 2019 e 2020. Na terceira, sucumbiu em 2015. Na quarta, em 2018. O Timbu chegou até as oitavas de final em 1993, 2003, 2006, 2008, 2009 e 2011. A melhor campanha do clube no século atual foi em 2007, ficando entre os oito melhores da Copa do Brasil, sendo eliminado nas quartas de final para o Figueirense.
Ao todo, o Náutico tem 100 jogos pela Copa do Brasil. Foram 45 vitórias, 24 empates e 31 derrotas.
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